化学院边界，单方面考虑学院自身利益，师资、指标、设备等资源基本上是“院系所有”，学科组成员被限制于单一的学科和专业范围内，难以在院系之间、学科之间展开互动和交流，这就加大了跨学科研究和教学的难度，不利于创新人才的培养。第二，管理体制滞后，培养方案过于刚性。长期以来，我国研究生培养模式单一，忽略学科专业要求、个人研究能力等个性化因素。此外，培养方案所规定的必修课程过多，而选修课程过少，跨学科研究生选课范围狭窄，如果选修了培养方案上没有开设的课程，则管理系统不予承认或者说计算机系统识别不出他们所修学分，从而影响学生选课的积极性。第三，学科专业设置不合理。近年来我国高校的专业建设有了重大变化并逐步趋向合理，逐渐形成自身优势和特色。但各校专业调整的力度和幅度有限，跨学科专业的生存和发展机会、空间还受到很大制约。第四，不同学科教师缺乏对学生培养的有效合作。实行跨学科创新人才培养，必然要求广大学生自主选择专业、课程和教师的范围。但在实践中，教师只专注于本学科专业领域的研究和本专业学生的培养，没有形成资源共享机制。这种学科专业的设置模式也就造成了学科专业以及教学资源的分割，形成了森严的专业学科壁垒，学科之间也缺乏沟通和交流。也就从根本上制约着以打破学科专业界限、实现资源共享机制、学生自由选择专业为必要条件的跨学科创新人才培养的推进。
3.研究生培养的机制障碍
第一，跨学科研究生课程设置缺乏科学合理的规划。尽管跨学科研究生培养并不是一个新生事物，但是在操作层面，我们对跨学科、跨专业课程的开发、课程目标以及价值取向都缺少较深刻的认识，与跨学科人才培养目标不相协调。综合课程的设置是跨学科研究生课程改革的主要方向，但是在我们所调研的跨学科研究生培养单位中，大多数培养单位对综合课程如何设置或编制的问题存在认识上的不足。在跨学科研究生培养的实践工作中，几乎没有综合课程设置的成功范例。第二，缺乏资金和技术平台支持。观念上的禁锢会导致行为上的缺失，学校将跨学科建设资金直接下拨到各学院，而学院在对学科建设资金进行二次分配时一般会优先考虑传统优势学科，对跨学科研究则可能因为研究风险和研究成果的归属不明而很少给予考虑，使得跨学科研究生创新人才培养都由于缺乏资金支持而失去发展动力。从技术平台建设来看，虽然我国高校大部分跨学科教育科研组织有自己的网站，能提供一定的信息和资料交流，但是交互功能较弱，利用率较低。第三，跨学科研究生培养缺乏制度支持，学院合作缺乏较为广阔的平台。就学校层面而言，没有从宏观上建立起指导跨学科研究生培养的方针政策，没有建立相应的承接学科研究任务的载体。由于缺乏明确的需求导向，因而在真正意义上进行跨学科人才培养的单位很少。在全校范围内，难以组织相关的人力、物力，集中多学科优势去申请重大跨学科科技项目，有时即使两个或几个学院发挥各自优势申请到了科技项目或学位点，一旦目的达成，却又会出现各自为政的现象。另一方面，跨学科研究并不是仅仅只立足于学院或研究院，而是涉及到学校的研究生院、发展规划办、科技处、教务处等相关部门，可是由于学校层面缺乏明确的政策和制度导向，或者说对跨学科研究生培养没有出台具有针对性的制度性措施，在跨学科研究生培养过程中存在一些实际操作难题，如研究生对跨学科导师的选择、跨学科研究生在其他学院选修相关课程等。
三、跨学科研究生教育培养创新人才的体制机制创新
跨学科创新人才培养反映了科技、经济与社会发展的需要，代表了世界高等教育改革的趋势。跨学科创新人才培养要求改革我国学科专业设置与管理体制，打破学科专业壁垒。这就需要通过深化改革，转变机制，切实推
