冲突的时候，学者们往往按照权势的意志来修改自己的学术观点，而不是以学者的良知来捍卫学术自身的尊严。当学术观点和个人利益发生矛盾时，学者们也往往会优先考虑自己的个人利益而忘却学术良知。
三、实现大学学术自由的构想
实现大学的学术自由，要从大学的外部环境和大学自身着手，双管齐下，内外结合，大学才有望实现真正的学术自由。
1.实现大学学术自由的外向诉求
系统论告诉人们，系统外部环境对系统内部机制的运行有很大影响，因此，要实现大学的学术自由必须要营造一个良好的学术环境。
（1）营造尊重知识和学术的氛围。学术活动是以知识为载体，这就要求尊重知识、尊重人才，切实提高知识分子地位。尊重知识，既要对从事知识活动的人尊重，也要对科学尊重。只有学术得到尊重，才能获得自由，才有可能养成学术自由的风气。阿什比曾说过：“学术自由和学术自治，在最终意义上都是依赖民意的。唯有当民意了解到大学是什么，并予以尊重时，学术自由和学术自治才能获得保障。”当整个社会都形成了学术氛围，自然会对大学产生推动作用。
（2）营造宽松和宽容的学术氛围。学术活动的主要目的是探究真理，在探究真理的过程中必然会出现这样或那样的失败或失误。宽松、宽容的学术氛围就要求能够允许学术活动失败或失误。有些科学领域里允许学者不怕失败的尝试，如自然科学领域里，科学家们的坚忍不拔和不怕失败精神是可嘉的；而有的领域如社会科学领域里，却不容学者有什么失误，这种不够宽容的氛围会影响很多社会学家进行真理探究。所以，要实现学术自由，就必须要给学者宽松的学术氛围，给学者以宽容的态度。
2.实现大学学术自由的内向诉求
这里的内向诉求是从学术伦理和学术道德意义上谈起的。
（1）重建学术规范。目前，中国学术界学术规范缺失似乎是司空见惯的事情，原因也比较复杂，针对这种学术失范现象我们提出了要重新构建学术规范。重建学术规范，重要之举是使学术规范制度化，重建学术规范和完善学术奖惩制度同时进行。首先，对于学术人员，社会要承认其经济利益的合理性，完善其薪酬制度。承认学术人员的经济利益，不仅承认其学术价值，也能强化学术人员的风险意识和责任意识，从而提高他们的综合素质。其次，要满足学术人员所追求的非物质利益，即除了必要的经济地位外，还要注重提升学术人员的社会地位和社会声望，让其在社会上得到知识分子应有的尊重。此外，还要改革学术人员的管理体制，把学术人员从“官师合一”的处境中分离出来，明确其角色定位，让其在相对良好的软环境里从事自己的学术研究，不断满足学术人员在学术上自我实现的需求。
（2）维护学术尊严。每个学者都应该有自己的学术追求和独立人格，在探究真理过程中，应该本着实事求是的科学精神，不断地追求进步、追求真理，不断地形成自己的学术思想。学者和学术都是有尊严的，这就要求学者们在学术面前、在真理面前，不能盲从学术权威、不能趋炎附势，更不能为了个人私利而左右自己的学术追求，要维护学术和学术人员应有的尊严。
3.实现大学学术自由的制度诉求
学术自由既需要外在的环境氛围，需要内在的学术道德，也需要相应的制度做保障。
（1）学术自治。学术自治是维护大学内部学术活动自由的有力武器，也是大学能够有效抵御外来干预的天然屏障。大学也因为学术自治而使得自己有了相对的独立性。大学学术自治的最终目标就是促进学术的自由发展，以及能够为学术自由的发展创造条件。从这个意义上说，学术自治是实现学术自由的必要条件。所以，大学自治权的大小将影响着学术自由的程度，实现学术自由的前提就是要尽量争取学术自治权，并且能够践行学术自治，在实践中实现学术自由，在实践
