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1.缺乏良好的会计制度内部执行环境。①内部控制环境薄弱。COSO报告认为，控制环境是一种氛围，是内部控制其他要素发挥作用的基础，并对其他因素起制约作用。在思想上，我国企业管理层对内部控制理解存在偏差，内部控制意识、未能真正引起企业高层管理人员的真正重视。这具体表现为在上市公司中内部人控制现象严重，对能够控制公司的大股东或内部人缺乏相应的制约与约束机制，有些甚至授意下级捏造虚假会计信息，未能给会计制度的执行提供良好的控制环境。在组织上，由于信息技术在企业中的广泛应用，企业组织逾来逾趋于扁平化、复杂化。扁平化的组织缩短了信息传递距离、能够对环境变化灵活应对，却给内部控制带来麻烦，表现在弱化了管理者的监督力度和控制效果，极易导致部门利益与组织利益函数的冲突。这对于企业的战略控制是很不利的。②风险管理机制不完备。企业管理者在设计内部控制时，通常会对可能存在风险的环节进行定性分析，但是即使在信息化环境下，能够进行定量或是概率分析的很少。大部分企业尚未建立起一套完整的风险识别、分析与管理系统，缺乏一个健全有效的风险预警系统，风险管理上仍是属于“救火式”的。这导致企业管理层风险意识不足，不能全面的了解企业所面临的来自内部和外部的各种不同风险。③组织内部信息沟通不畅。会计制度的实施，从经济业务发生，确认、计量、记录与报告都离不开多部门的通力合作，因此在企业内部建立良好的信息沟通渠道不可缺少。这要求确保组织中每个人均清楚地知道内部控制制度、会计制度（尤其是会计凭证的传递、授权、审批等）的相关内容，其在企业管理制度中所扮演的角色，管理层或员工的行为是否违背相关制度规范等等。然而，这些都是目前很多上市公司所缺乏的。一方面，由于现有的ERP系统多是采用分功能模块进行设计的。企业上ERP系统也通常是先上几个功能模块，再接着慢慢补充其他模块，这就影响了模块间的数据共享。另一方面，会计处理不规范，内部控制制度在实际中没得到遵循等情况不能有效反馈至领导层，高层管理人员的违规行为也无法直接向董事会检举、报告，长期得不到及时纠正，从而导致企业风险不断加大。这些，显然对于会计制度的正确实施都是很不利的。
2.会计核算、会计处理程序不规范。对上市公司或企业集团来说，对外、对内两套账，甚至多套账并存的现象是普遍存在的。而且根据其报告对象的不同，会计人员编制的不同的会计账，其所依据的会计处理或核算方法显然也存在一定的差异。
3.会计内部、外部监管制度不健全。外部监管方面，近几年我国政府通过发布相关法律法规等外部因素的强制性制度安排，以加强对上市公司的监管，保31《福建论坛·人文社会科学版》2008 年第 6 期护中小投资者权益。但“上有政策，下有对策”，上市公司仍会钻制度的漏洞。首先，内部控制问题导致管理层舞弊现象严重，导致内部会计监督效力不足，管理层与会计人员甚至偏离会计制度的规范要求，合谋出具虚假财务报告，欺骗外部中小投资者。其次，不少企业的内部审计机构缺乏应有的独立性，导致其监督力度大大受到限制，尤其对高级管理人员的舞弊行为常常是无能为力。近几年来，我国内部审计取得了一定的进展，大部分上市公司成立了内部审计机构，但问题仍是层出不穷。
4.实施后未能定期进行更新及补充。我们知道，会计制度的设计在保持相对稳定性的同时应该具有根据企业内、外部环境的变化进行适度的更新，当然频率不宜过高。2006年2月新会计、审计准则体系的颁布，以及2007年3月新内部控制规范征求意见稿的出台都对企业的经营管理与会计核算提出了更高的要求，这显然也对原有的会计制度带来一定的冲击。理论上企业应及时根据需要进行会计制度的更新与补充，然而实际中，由于其变动耗时、耗力，导致很多企业再修改的动力不足。另一方面，会计制度设计中未充分建起立起制度执行效果的监督与定期评价体系，例如明确会计资料定期进行内部审计的办法和程序等。
