1、补偿强度难以货币化。要对物权受限者进行合理科学的补偿，就必须对生态环境保护和重建的投入成本及效益进行科学的计算，只有这样才能保证保护和重建行为的科学性。由于生态环境的公共物品特性,很难计算出间接成本或收益，从而难以科学确定补偿强度的量化。
2、补偿者和补偿接受者问题。产权的界定是生态环境补偿的前提，只有生态环境的产权明晰了，才能确定谁补偿谁的问题。但在资源和环境领域，产权界定是一个很复杂的问题，许多生态环境的产权往往是模糊和虚化的，甚至是不可能清楚界定的,这样在实践中往往使生态环境的权利和义务失去主体，导致无法清楚地确定补偿承担者和接受者。在对自然资源物权人进行补偿时，补偿承担者难以确定的问题将更加突出。
3、生态补偿的内容不明确。生态补偿的内容很多,涉及面极广,而且随着人们认识水平的不断深入,需要补偿的范围还要增多。由于国家和政府对在重点保护区农民的自然资源物权有更多的限制，导致当地居民的生活问题日益显现。
（二）补偿方式比较单一，没有建立良性投融资机制
补偿资金渠道以中央财政转移支付为主，补偿的重点为西部部分地区，而且以重大生态保护和建设工程及其配套措施为主要形式；投入主要以国家为主，地方投入较少；有限的资金主要以毛毛雨的形式，分散用于各个地区，造成资金的低效使用和浪费。
（三）征收和使用方式不合理
由于生态补偿机制不完善,补偿不能完全依法进行,基本上是采取“搭车收费”的方式，收费和使用主要以部门或行业为界，部门间各自为政，行业、部门之间的条块分割，不能形成合力，也没有真正实现收支两条线。部门行政色彩浓,导致生态补偿不到位,补偿受益者与需要补偿者相脱节。
（四）全国还没有形成统一、规范的管理体系
缺乏有效的监督，资金的收取和利用存在很大的漏洞。目前许多证据已经证明国家用于生态建设项目而投入的巨额资金，被广泛用于部分地方和政府部门的私自渔利行为上，“暗箱操作”现象层出不穷，这就导致了权利受限者无法得到充分的补偿，并产生了高额的管理成本，从而危及到了项目的顺利实施。
（五）观念上存在障碍
我国公众的环境意识还比较低，“资源无价”的错误观念还未根除，广大民众对生态补偿知之甚少，许多人甚至认为征收生态补偿金是“乱收费”，这些错误观念的存在是生态补偿制度建立的很大障碍，也为生态补偿工作的展开带来了巨大阻力。
（六）资金筹集问题
资金积累和筹措不足,是建立补偿机制面临的一个瓶颈问题，没有充分的资金来源，生态补偿机制的建设也就无从谈起。
（七）补偿强度问题
一般来说，对生态环境保护和重建的直接投入成本进行计算相对比较容易，可等同为将受到破坏的生态环境恢复到正常或预期的状况所需支付的费用。但是由于生态环境的公共物品特性,它的保护和改善对社会提供的服务以及它的破坏对社会造成的影响比较容易感受，但是很难评价到底得到多少利益或受到多少损失，并且在不同地区及社会发展的不同阶段，人们对生态环境的评价值和需求是不同的，对生态环境影响的认识水平也是不同的，因而很难计算出间接成本或收益，从而无法科学确定补偿的强度。
（八）法律法规体系不够健全
就目前我国对该方面的立法，还存在不小的缺陷，主要有：
1、立法体系上的缺陷。主要表现在自然资源保护法律中资源有偿使用原则未体现资源生态效益价值；有些资源保护法未将维护生态平衡作为其立法目的以及资源保护法律的有些规定不利于生态环境保护等方面。《刑法》对破坏自然资源罪的规定欠缺生态效益考虑。
2、技术上的困难。征收生态补偿税需要准确确定税率，补贴需要确定补贴率，而税率和补贴率的确定都面临技术难题，政府为获取这些信息会支付较高的成本。生态补偿数额的确定应以生态破坏造成的损失量和生态建设或恢复的效益量为标准，而生态影响的定量评估技术尚未充分开发、建立和普及。
我国的《防沙治沙法》、《土地承包法》、《草原法》、《环境保护法》等法律对植树造林、草地保护作出了明确规定，但并未对自然资源物权人的权利受到合理限制的情况下，国家给予受损利益的补偿加以规定，即使有体现，约束力也不强，而法律条款之间本身存在着矛盾，更加影响了生态补偿制度的实施。
三、自然资源物权受到合理限制下生态补偿机制的具体对
针对上述问题，我们认为，当自然资源物权受到合理限制时，生态补偿机制的运作应做好以下几个工作。
（一）明晰界定自然资源产权
环境产权界定应该是对环境归属、环境质量及环境侵权程度，从质和量、近期和长期、局部和整体上的权威性、可操作性的行为规定和使用约束。我国现行《宪法》第9条规定“
