（二）明确补偿主体
生态补偿机制的主体是参与生态活动的各关系人(自然人和法人) ， 它包括两类：公共主体和市场主体。[ ]生态补偿机制的公共主体就是政府及各类相应的机构和组织。由于生态经济的公共性，而且本文讨论的是自然资源物权受到合理限制时的补偿主体，这就决定了政府作为公共主体参与生态活动补偿的必然性和重要性。由此，应当充分发挥政府在该生态补偿机制中的主导作用，即主张补偿主体行政化。具体表现为对生态治理中的受损权利人的补偿需要政府实施。从而权利人的权利将得到政府稳定而有力的保障，充分体现了补偿机制的有效性。
（三）补偿制度法制化
生态补偿实质上是一种利益协调，也是一种矛盾协调。利益协调可以通过经济途径、观念途径、制度途径等多条途径予以实现。利益冲突的制度协调是指针对利益关系直接进行协调，是通过对人们之间利益关系的重新定位和对人的利益行为范围的限制来实现利益协调的。从人类社会利益协调的历史来看，利益冲突的利益协调通常是以国家协调的形式表现出来的，利益协调是国家的重要职能。在对社会利益冲突的制度协调中，法律制度是其中核心的内容之一。通过法律机制的协调，可以有效降低政策协调、经济协调和观念协调的主观随意性，从而最大限度地保持利益制度和整个社会的稳定。强调法律制度在生态补偿中的重要性和权威性，对于整个生态保护和建设的可持续发展具有至关重要的意义。实践证明 “补偿政策法律化”使补偿制度名副其实地成为使受损权益得到恢复和弥补的一种法律手段。
1、确立生态补偿的宪法地位。宪法是我国的根本大法，而生态补偿是推进可持续发展的重要举措，所以只有明确生态补偿的宪法地位才能顺利实现可持续发展。确立生态补偿的宪法地位主要是对生态环境的产权进行严格的界定。
2、制定与完善我国的环境保护法。修改现有的环境保护基本法，在环境保护基本法中把可持续发展战略确立为环境立法的指导思想，并以此为指导，把自然资源有偿使用的原则和生态补偿制度确立为我国环境保护的基本原则和基本制度，在此基础上，修改环境保护单行法，对《森林法》、《草原法》、《野生动物保护法》、《水土保持法》等已确立的生态补偿制度要进一步具体化、完善化，使之具有可操作性和科学性。对其它资源保护和污染防治法增加生态补偿制度，尤其是生态补偿要融入《环境影响评价法》中。通过这些立法措施，对自然资源物权受到合理限制的权利人的权利加以具体规定，并且给予权利受限后的有效补偿。
（四）确定补偿标准
补偿标准的确立是生态补偿机制中的一大难点。很多人将其归结为生态环境的功能价值的难以计量。需要指出的是，我国的生态资源所有权属于国家，国家实施生态环境保护的政策和措施，是对生态资源的开发利用权的限制性征收的行政法律行为，生态补偿是基于这一行政行为对法人或个人生态资源财产的收益权限制的行政补偿制度。补偿标准应该在国家的经济发展水平和其对生态效益的需求间寻求平衡点。
对于建设项目生态补偿金的确定，可以考虑与环境影响评价相结合，充分利用环评的各项数据资料，使环境影响的定性评估与定量评估同时进行，在环评阶段确定生态补偿金的数额，同时也可提高环评的准确性、科学性，还可以节省环境管理机关的工作量，提高工作效率。
赔偿与补偿只是一种相对的公平，在现有的条件下无法做到完全的公平。尽管如此，生态补偿机制也要在力求在公平公开的层面上运行，必须有科学核算生态补偿的标准体系。对补偿标准的确定，很大程度上依靠对资源环境的价值进行评估。
（五）确定多样化的补偿方式
生态补偿机制应建立国家、地方、区域、行业多层次的补偿系统，实行政府主导、市场运作、公众参与的多样化生态补偿方式。
1、政策补偿与技术补偿相结合。政策补偿，即上一级政府对下一级政府的权利和机会补偿。受补偿者在授权的权限内，利用制定政策的优先权和优惠待遇，制定一系列创新性的政策，促进发展并筹
