农业生产对水资源造成的污染主要来自化肥、农药、除草剂的使用，因此水污染环境成本的核算方法与土壤资源的环境成本核算方法类似。2者的差别在于水的流动性较强，水资源的污染会进1步对动植物资源和人体健康产生危害，由此造成的2次污染和损害的核算，可以分别参考动植物资源的环境成本核算和生命与健康成本核算。
2. 4 大气污染环境成本核算
2. 4. 1 温室效应的成本核算
农业生产的温室效应损失=温室效应造成的净损失×农业生产对温室效应的负责系数
农业生产对温室效应的负责系数=农业生产N[，2]O排放量占N[，2]O总排放量的比例×N[，2]O对温室效应的负责系数
2. 4. 2 秸秆燃烧的环境成本核算
首先确定秸秆燃烧所造成的损失项目，如交通事故、高速公路关闭、飞机停飞、火灾等，其次统计和计算相关项目的实际经济损失，最后将这些损失合计就是秸秆燃烧的环境成本。其中涉及生命与健康方面的损失，核算方法参见关于生命与健康成本的核算。
2. 5 生命与健康成本核算
在生产中与农药的接触对人体会产生不同程度的危害，可以致病、致残甚至致亡，相应发生的医疗费、误工费，以及由于劳动能力的部分或全部损失所造成的经济损失，都属于生命与健康成本核算的内容。与农业生产不相关的行为，如服药自杀所造成的损失不是环境成本核算的内容，精神损失由于没有统1的标准且难以衡量，也不在核算的范围。通常使用人力资本法核算生命与健康成本。
人力资本法也叫工资损失法，它是通过市场价格和工资多少来确定个人对社会的潜在贡献，并以此来估算生态环境变化对人体健康影响的损益。
进1步计算疾病成本和劳动能力丧失成本：
式中，R[，j]为农药对伤残的负责系数；Y[，0]为期望寿命(参考“WHO推荐的标准期望寿命表”)；Y[，j]为第j人的实际年龄；E[，j]为劳动能力损失系数(死亡者系数为1，伤残者根据伤残轻重确定，具体可参照GBD伤残等级分类)；W[，y]为年人均收入；D[，j]为年陪护费用。
3 农业环境成本的控制
3. 1 维护土地的多样性
目前，农村土地耕地化现象非常严重，不仅边边角角都被利用，就是原来的河道、林地、草滩甚至坟地也被开垦变成了耕地。土地的过度利用将造成10分严重的后果，1是使许多动植物失去了生存的空间，农作物1统天下，不利于生物间的竞争与进化；2是土地耕地化使水土流失问题更趋严重，农作物的耕种具有很强的季节性，在春播与秋播期间，地面没有任何植被覆盖；3是提高了旱灾与涝灾的成灾率，因为大量的水塘、沟渠甚至河道都被平整开垦为耕地，排涝蓄水以及灌溉的能力大大减弱。为了解决上述问题，我们在保护耕地的同时，1定要保护农村土地的多样性，林地、草地甚至荒地也要得到1定的保护，对池塘、河道、沟渠进行全面规划，禁止耕地对其侵占。提高农作物的产量，应该主要依靠技术与资金投入，而不是耕地面积的无限制扩张。
3. 2 科学施肥，减少无机肥施用量
全面使用测土配方施肥技术，避免化肥的盲目使用。发展复合肥、生物有机肥，压缩无机肥的施用量。生物有机肥技术是以畜禽粪便为原料，以秸秆、豆粕等有机废弃物为辅料，配以多功能发酵菌种剂，通过连续池式好氧发酵，使之在5～7天内除臭、腐熟、脱水，最终成为高效活性生物有机肥。有机肥内含有多种有益微生物，能不断释放出植物生长所需的营养元素和多种植物生长刺激素。肥中除含有氮、磷、钾3大元素外，还附有含钙、镁、硫、硅、锰、锌、硼等中量和微量元素。能增加土壤团粒结构，提高土壤保肥、保水、保温能力，减少病虫害，改善作物品质。施用有机肥料的土地比施用传统化肥的土地1般增产10％以上。现在，生物有机肥的生产技术比较成熟，市场供不应求，发展生物有机肥，可以实现经济效益和生态效益的双赢。
3. 3 发展生物农药和物理捕虫技术
生物农药是指利用生物资源开发的农药，包括植物农药、微生物农药和抗生素等，生物农药具有对人畜的毒性较小不污染环境以及病虫不易产生抗药性等优点。由于技术上还存在1些问题，生物农药在我国的推广和利用受到了1定的制约，许多生物农药的有效成分为活体微生物，其产品制剂化技术要求高，而我国生物制剂的剂型及其工艺水平落后，致使活体微生物农药的制剂化成为生物农药发展的1个瓶颈。因此要加强技术攻关，使生物农药产业不断取代化学农药，成为农药的主体。同时，应重视物理捕虫技术的普及和应用，如使用灯光、振频等物理方法诱虫、杀虫。根据昆虫趋光的天性，在其成蛾期间，在田间布置具有诱虫和杀虫功能的频振杀虫灯，杀虫效果不亚于使用农药，并且没有污染，还可以大大节约成本。山东龙口市在果树和蔬菜生产中推广频振式杀虫灯技术，全市目前已应用频振式杀虫灯3000多盏，控制果蔬面积6000多hm[2]，每年可减少农药使用150t，节约成本上百万
