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关于论文的结构，即如何组织上述内容，最紧凑的是采取顺序型结构，即按“提出问题――理论分析――实证分析――得出结论”的顺序组织内容，但难度往往较大，尤其是讨论问题的范围较广、论文篇幅较长时。另一种常见结构是先总后分型结构，即先提出问题，对问题给出若干解释或分解成若干子问题，然后对每一种解释、子问题给出“理论分析――实证分析”。本文就《新课程》杂志社官网论文的内容做了一些总结。
理论分析应注意的问题。理论分析的目的是在理论上支持、证明论文提出的观点。经济理论是解释经济现象的一套简单的逻辑体系(林毅夫，2005)，可以用文字表述，更多的是用符号(如数学符号)表示。如果论文中提出的观点、理论能够很好的解释一种经济现象、并能够准确预测某一种经济现象的发生，就是一种好的观点或理论。但同一种经济现象，可由不同的理论来解释，而不同理论流派首先或基本的区别在于其前提假设上(当然，主流经济学有着共同遵守的假设，比如理性人假设、资源的有限性假设)，如考夫曼(2001，p.507)分析的货币主义与凯恩斯主义在前提假设上存在的区别、王广谦(2003，p.413~415)讨论的金融市场理论和行为金融理论在前提假设上的区别，而两种理论由不同的前提假设出发，经分析推理得出的结论及政策含义就存在巨大差异。因此，在论文写作、进行理论分析时，讨论应在一套理论体系(或者说一个分析平台、框架、参照系)内展开，借用、引用不同的理论时应注意彼此在研究的前提、得出的结论上是否冲突;同时理论的正确与否应看其内部逻辑推理是否一致、能否被经验证明或证伪，不要断章取义、随便引用某个经济学家的话来佐证论文的观点;不要出现同时赞同市场和赞同政府的倾向，观点在前后应该具有一致性;如果论文讨论的是非主流经济理论，比如行为金融理论，那么引用某些普遍的结论，如竞争比垄断更有效率、需求曲线向右下方倾斜等也要慎重;另外，在一篇文章中，自己提出的观点(或“理论”、“理论”的结论及推论)应是自洽的，能够相互解释、相互之间不矛盾。?
关于理论分析中的创新。一篇论文的重点、价值在于创新，但理论创新难度很大，因而一般尽量不要试图提出什么新的理论或试图综合两种理论。但在理论分析中，创新可体现在以下几个方面：?
(1)对已有的理论进行评述，将部分文献综述的内容扩展、加以详细论述，来证明论文提出的观点。这往往是理论分析的普通形式，是部分硕士、博士论文的大头。?
(2)在他人的基础上，对已有的理论或模型进行演绎、推理，或补充、改进，得出新的结论，以更适应我国当前的现实(这应该也算一种创新)。?
(3)评述若干种理论，指出其不足之处，然后提出自己的观点，虽然你没有在理论上证明该观点，而只是在后面的实证分析中证明。
(4)用一种新的方法或过程证明一种理论或观点，虽然别人曾经证明过，但你的论证更有效率(证明更简短)、或更新颖(如使用博弈论来证明原来的观点)，这构成了理论证明过程的创新。
