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利用信息技术优化内部控制系统企业存在的一个误区就是借助计算机去满足手工状态下企业内部控制和信息处理要求，很少顾及现代信息技术自身的特性。这种模拟手工的直接后果就是导致信息系统中的“信息孤岛”现象，各个管理子系统中数据沟通不畅，难以实现对业务流程的控制，信息也无法实时共享。信息化的实施则把企业的所有业务看成一个紧密联接的供应链条，这条供应链条包括了物流、资金流和信息流。在信息化环境下，企业可以对产、供、销等各个环节实现人、财、物的全面控制，实现财务处理和业务处理的一体化。
借助信息化的集成平台，企业的内部控制能够实现三个转变：一是从事后监督为主的控制向以事前预防、事中检查为主和事后纠正为辅的控制转变；二是从以会计人员为主的会计控制向全员参与的全面控制转变；三是从信息沟通不畅到信息实时共享的转变。利用信息技术优化内部控制系统，需要实施以下七个步骤：一是项目组织和计划；二是内控业务流程分析；三是识别和设计IT控制点；四是评估IT内控设计的有效性；五是评估IT内控执行的有效性；六是缺陷识别和改进建议；七是持续改进。其中，步骤二和步骤三是实施内部控制优化的重要环节。通过这两个步骤的分析设计过程，可以确定企业内部控制的范围，依据该范围再去评估整个内部控制的设计有效性和执行有效性。借助信息化进行业务流程重组来优化内部控制信息化对企业内部控制系统的影响主要体现在：一是企业的业务流程部分甚至全部由信息系统驱动和承载；二是企业内部控制系统依赖于以信息技术为基础的控制；三是企业内部控制的企业信息化建设与内部控制管理的思考。
