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截止2014年，我国研究生培养机构有830个，其中普通高校548个，科研机构282个，而普通高校中，军事、有国防生以及涉及军工技术的高校比例超过30%，科研机构中，涉及国家安全、国防安全、国家重大政策、军工技术的超过90%，这些研究生培养机构中相当部分硕士生、博士生直接参与国家军工、高新技术、国计民生、国家重大政策等方面研究，其学位论文可能涉及不同层次的安全问题，从中国知网收录的学位论文与我国每年授予的学位数量数据可以推断，不适合即时公开的涉密学位论文每年几乎占授予研究生学位总量的近30%，这些学位论文需要相应的安全管理规范来保障。但目前我国部分高校对涉密论文缺乏安全管理意识、没有系统规范的管理细则，导致涉密学位论文在有的环节没有得到真正的保密，甚至给国家安全、国防安全、科技安全带来威胁。
1、学位论文的安全管理意识薄弱
目前研究生培养机构的图书馆常认为图书馆是向读者提供和传递信息的单位，学位论文保密工作大多流于形式，对学位论文安全管理意识薄弱，对待学位论文的态度是：事不关己，高高挂起。学位论文管理者根据自己主观意愿管理学位论文，例如负责提交和管理涉密学位论文的人员没有签署涉密表和保密责任书，甚至有的涉密学位论文没有经过严格审核就擅自流通利用。
2、涉密学位论文界定不明确和密级设置不统一
不同研究生培养机构对涉密论文界定存在不统一、不全面的现状。虽然高校或者科研机构都制定了各自的涉密学位论文管理制度，对学位论文的范围和密级设置主要由学校和导师确定，涉密范围和密级设置过程中存在一定主观意识，存在将可能涉及国防科技项目的学位论文界定为密级公开学位论文的状况，为学位论文安全埋下隐患，有的为了逃避查重将非涉密学位论文界定为涉密论文，不利于学位论文流通。由于密级设置没有一个全国统一规范，导致涉密学位论文安全管理存在安全隐患。
3、缺乏涉密学位论文各环节的过程监管
在开题、写作、打印、提交、评阅、答辩、归档等各个环节中，涉密学位论文可能辗转不同工作人员，在任何一个环节都有可能导致学位论文内容泄密，这些环节中对读者保密、定密、解密、归档等管理制度不规范，作为秘密载体的涉密学位论文，登记和利用管理缺乏严格涉密管理制度， 任何一个环节出现监管不力，都有可能导致的泄密。
4、学位论文版权管理不规范
目前我国学位论文版权使用模式主要以“三方主体———两层授权”模式，首先由学位论文作者与高校之间签订学位论文版权使用协议， 再由高校与学位论文开发机构签署学位论文版权许可协议。在学位论文版权管理方面存在学位论文版权协议签订不自由和不规范、对学位论文的著作权人界定和转授权不清晰等问题。
学位论文版权协议中， 高校和科研机构处于优势地位， 版权协议主要是高校和科研机构单方制定的条款， 学生只有被动接受这些已经拟定好的版权协议，极易导致高校和科研机构过度维护自身权益，损害学生的合法权益； 国内不同研究生培养机构对学位论文的著作权人归属规定各不相同， 著作权归属主要分为三类：学生、学生和导师、学校。还有相当部分学位论文没有明确著作权的归属方， 用学校作为著作权使用授权方， 为学位论文开发服务和转授权等合法利用埋下隐患， 也无法保障学位论文著作权人的合法权益。
