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借鉴欧美发达国家治理学术不端行为的经验和教训，结合我国具体国情，我国应该设立国家学术不端惩戒委员会、科研资金资助机构学术不端惩戒委员会、学术单位学术不端惩戒委员会等为一体的学术不端惩戒组织体系。学术单位学术不端惩戒委员会、学术资金资助机构学术不端惩戒委员会作为学术不端惩戒初审机构，国家学术不端惩戒委员会作为学术不端惩戒复审机构。
1.国家学术不端惩戒委员会
在中国应该成立一个统一的专门的学术不端行为调查、处理机构。“科学不端行为是在科学共同体内部发生的，对它的定性需要有一定的专业知识，有时科学不端行为案件也涉及数个机构或是跨越一定的时期，因此，成立一个专门的机构，对科学不端行为进行一个明确的界定，一方面可以有效地解决调查主体的问题；另一方面也可以减少在科学不端行为调查中的扯皮推诿现象，提高工作效率。”这个机构负有制定和监督学术惩戒法律、政策实施的管理职能。它制定的政策是其他机构制定不端行为规范的依据，具体机构可以按照自己的特点制定相应的规范。一般情况下，它不进行不端行为的调查和处理，只有在特殊情况下，它才会涉入并可以开展独立调查。根据美国联邦政府政策，如果出现下列情况，联邦机构就可以进行独立的调查:(1)具体科研机构的调查违反联邦政策；(2)调查涉及公共利益、公共健康以及国家安全；(3)具体科研组织无力开展调查。
2.科研资金资助机构学术不端惩戒委员会
科研资金资助机构作为科研活动的资金支持者，有权利为接受资助的个人或机构制定相应的规范；同时，接受资助的科学家以及科研机构也必须向他们承担相应的义务。资助机构一般可以根据政府制定的规范框架制定特殊的规范，但是不得与政府规范相抵触。这些规范可以对接受资助的科研机构和个人进行约束。
3.学术单位学术不端惩戒委员会
各高校及科研单位是调查处理学术不端行为的基本主体。他们可以依照国家法律法规及国家惩戒委员会的惩戒规则自己的学术规范和惩戒规则。要保证学术不端惩戒委员会的中立性和权威性。应避免将其附属于专门的学术机构，以保证调查活动的公正性。这个机构除具有专业素质的调查员外，还要聘请各个学科领域的专家、法律专家作为顾问，以保证调查活动的科学性、权威性和合法性。惩戒委员会可以成立自己的办事机构，具体负责日常调查处理工作，处理决定要经过惩戒委员会集体讨论决定。国家惩戒委员会、科研资金资助机构学术不端惩戒委员会、学术单位负责人具有监督的权力和责任，发现惩戒中程序错误、认定事实有误、适用法律、规则有错误均可以要求重新处理。
