随着对科学知识水平要求的提高，“学问分科”也日益被强调，如开办京师大学堂时提到：“学问宜分科也。京师同文、广方各馆西学所教，亦有算学诸端，徒以志趣太卑，浅尝辄止，历年既久，成就甚稀，不立专门，终无所得也。”（注：官书局：《议覆开办京师大学堂折》，《陈编》，卷1，学术1，原学。）
于是，在较后的《经世文编》里，“学科”这1概念逐渐被使用。虽然人们使用“学科”1词时，其含义往往并不1致，但近代科学的各个分支逐渐获得了“学”的地位。如张謇称：“西政专门之书，经东（按：日本）今列为学科者，类已逾百。……日本学科并有专书，……各有设局编小学堂及中学堂课本书，译各史及各学科书。”（注：张謇：《变法平议》，《邵编》，卷102，通论部3。） 这里的“学科”1词还是与书籍有某种关系。而梁启超在《教育当定宗旨论》中，将“学科”理解为课程，“1国之有公教育也，所以养成1种特色之国民，使之结为团体，以自立竞存于优胜劣败之场也。然欲达此目的，绝非可以东涂西抹，今日学1种语言，明日设1门学科，苟且敷衍，乱杂无章，而遂可以收其功也。”（注：梁启超：《教育当定宗旨论》，《甘编》，卷19，教宗。） 但在他的《新史学》中，“学科”已指自成体系的学问：“今日泰西通行诸学科中，为中国所固有者惟史学，史学者学问之最博大而最切要者也。”（注：梁启超：《新史学》，《甘编》，卷20，学术。）
同时，人们也开始思考近代科学的分科依据。有人认为，学问分类取决于物类的分化，“万物有有形、无形之分，界限甚明，且有形之物又分有生命与无生命之两类。物类既分，学问之类即由此而亦分。然则缘各物之类为类者，是固学问中分门最善之法也。”（注：《学问之源流门类》，《甘编》，卷20，学术。） 该作者还就天文学与算学的密切关系，认为天文学不是1门独立的学科；而地理学由于与形性学（物理学）及化学的密切关系，也不是独立的学科。梁启超从西方科学发展的历史脉络入手，探讨科学体系中各学科之间的关系，“西学之属先虚而后实，有形有质之学，皆从无形无质而生也。故算学重学为首，电化声光汽等次之，天地人谓全体学，物谓动植物学等次之，医学图学全属人事，故居末焉。”（注：梁启超：《西学书目表序例》，《麦编》，卷21，杂纂，西学。）这1认知颠倒了以往对科学突出功利性的认知序列。
这些见解虽然只是尝试性的，但随着对科学系统性认知的出现，人们对科学的认知便基本完成了跨文化的调适，科学成为了中国近代知识体系中1个自成体系的组成部分。
