本文主要为广大网友提供“PCR基因芯片技术探讨及检测白血病的应用”,希望对需要PCR基因芯片技术探讨及检测白血病的应用网友有所帮助,学习一下!
作为一种高通量基因检测技术,基因芯片在基因分析研究中得到广泛的研究和应用。经过十多年的发展,基因芯片的种类多种多样,各有不同的特点。目前技术上发展较成熟应用最广泛的是基于核酸杂交原理的微阵列基因芯片,由于其技术原理的限制,在定量检测方面存在一些不足。而微流控式基因芯片基于样品处理和检测于一体的集成式设计理念,难以实现高通量检测。PCR 基因芯片结合了荧光定量 PCR 技术和微阵列检测的原理,同时具有高通量、高灵敏度和精确定量检测的优势,有很好的应用前景,近几年得到越来越多的研究。
目的:我们的试验分为两个相互关联的部分。其中 PCR 芯片的研制是研究设计一种有实用意义的PCR基因芯片,并在芯片上进行荧光定量PCR反应的探索。在借鉴本实验室研究经验和前人研究成果的基础上,结合 PCR 技术和微加工技术,设计出一种有实用意义的PCR基因芯片,以实现荧光实时定量PCR反应的微型化和高通量检测。同时配合PCR基因芯片的研究,设计一套PCR阵列方案用于白血病融合基因的检测,这部分实验在常规的荧光定量PCR仪上进行,以初步探讨阵列式、高通量PCR检测的可行性和意义,为进一步在PCR微阵列式基因芯片上的应用研究积累经验和基础。 方法:设计并制作了以PMMA为材料有 80 个PCR反应孔的微孔式PCR 基因芯片,反应孔用CO 激光器加工;PCR反应在各个微反应孔内进行,每个微孔的反应体系为1.2ul,约为常规PCR反应体系的1/42;以白血病相关BCR/ABL 融合基因质粒为模板,在芯片上进行EvaGreen掺入染料法的荧光定量PCR反应试验,并对实验数据进行初步的定量分析;芯片上PCR的反应和检测在我们实验室和北京航空航天大学合作研制的荧光定量PCR反应和检测仪上进行;分别在芯片上进行相同浓度和不同浓度初始模板量的荧光定量PCR反应实验,并将试验结果与相同条件在ABI7000型荧光定量PCR仪器上所得到的结果对比,以验证芯片上的试验结果。
通过严格的引物选择标准和试验条件的优化,组合使用82条PCR引物,建立一套包括66个平行管的阵列式PCR方案,同时定量检测白血病中常见的37种融合基因形成的125种剪切体和4种癌基因活化;定量方法采用通用性好的EvaGreen荧光染料法,用比较Ct法进行相对定量检测,各目的基因表达量用其与内参基因(ABL)的表达量比值来定量表示,以除外标本处理等过程带来的试验误差;反应在96孔板上进行,用普通的荧光定量PCR方法和仪器进行检测;首先对我们设计的检测方案进行扩增效率和扩增稳定性检测,并用此方案对 30 例初诊白血病患者标本进行了检测,对 6 例慢性粒细胞性白血病患者进行了治疗前后的检测(共 36 例标本,42 人次检测),以观察其治疗后融合基因和癌基因活化的表达量变化情况;其中32人次的检测结果与巢式PCR的检测结果相对比,以比较两种检测方法的准确性和灵敏度。